随着近年来土地价格的不断上涨，房地产企业利润受到持续挤压，项目毛利率下降甚至出现亏损，从而引发超实际税负预缴增值税以及多预缴的税款如何退回等问题。
根据财税[2016]18号的规定，一般纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。后续房地产企业实际结转收入时，按照转让不动产的适用税率缴纳增值税（5%或9%），前期已预缴的增值税可以在实际缴纳增值税时进行抵减。但若房地产项目实际增值税税负率小于预征率，将会造成预缴大于实际应缴的情况，且多交税款目前并无明确退税机制。所以为了避免多缴税的情形，行业内一般采用如下方法：
一、收到预收款时直接开具适用税率的发票
根据财税[2016]36号的规定，增值税纳税义务的发生时点为纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。在收取预售款时直接开具发票，以提前触发增值税的纳税义务发生时间。但需注意实操中各地对该操作的认可程度不同，建议提前与税务机关沟通。另外，即便税务机关认可该操作，也应注意交房后退面积差等需要红冲发票的情形造成的潜在税务风险。
二、申请增量/存量留抵退税的优惠
根据2019年开始执行的减税降费政策，房地产开发企业还可能享受增量和存量留抵税额的退税优惠：
增量留抵
根据联合公告[2019]39 号，符合特定条件的纳税人可以退还相比2019年3月底新增的留抵退税额的60%
根据财政部、国家税务总局2022年第14号公告（“14号公告”），满足小微企业条件的，可以享受自2022年4月纳税申报期按月全额退还增值税增量留抵税额
存量留抵：符合条件的上述纳税人按照企业类别可以自以下纳税申报期起申请一次性退还存量留抵税额
根据14号公告，如房地产开发企业满足微型企业和小型企业条件的，可以自2022年4月及5月所属期申请一次性退还存量留抵税额
在实际享受增量/存量留抵退税之前，企业应注意对增值税留抵税额的合规性进行排查，避免被认定违规取得留抵退税，造成较大的税务合规风险。
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