1、应税服务项目选择带来的风险
对于物流企业所提供的交通运输服务[ 根据《营业税改征增值税试点实施办法》附表中的销售服务、无形资产、不动产注释：交通运输服务，是指利用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。]，应按“交通运输服务”项目开具发票，适用9%的税率；
对于物流企业所提供的无运输工具承运业务[ 根据《营业税改征增值税试点实施办法》附表中的销售服务、无形资产、不动产注释：无运输工具承运业务，是指经营者以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务的经营活动。]，应按“交通运输服务”项目开具发票，适用9%的税率；
对于物流企业所提供的装卸搬运服务、仓储服务、收派服务，按“物流辅助服务”项目开具发票，采用一般计税方法的，适用6%的税率，采用简易计税方法的，适用3%的征收率。
物流企业提供应税服务后未按规定项目开具发票，可能造成从低适用税率或征收率，以此少缴增值税。
2.应税收入金额核算问题
《营业税改征增值税试点实施办法》第三十九条规定：“纳税人兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产，适用不同税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。”故，物流企业提供不同应税服务适用不同税率或者征收率的，应当分别核算，未分别核算的，从高适用税率。
物流企业同时为客户提供交通运输服务与装卸搬运服务、仓储服务、收派服务，其销售收入金额未分别核算，合并计算后从低适用税率或征收率，或是其销售收入金额未在多笔应税服务间作公允分配，致使部分销售额从低适用税率或征收率，以此少缴增值税。
3.应税收入不入账，不开票
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十六条规定：“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票。”故，物流企业在发生经营业务后，对于满足收入确认条件的，应当及时确认收入，并开具发票。
实践中，物流企业出于少缴税款的考虑，可能会与客户选择账外结算，以致出现“假账”“两本账”情况。
4.业务凭证与发票备注信息不一致
《国家税务总局关于停止使用货物运输业增值税专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2015年第99号）第一条规定：“增值税一般纳税人提供货物运输服务，使用增值税专用发票和增值税普通发票，开具发票时应将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏中，如内容较多可另附清单。”故，物流企业在提供货物运输服务并开具发票时，应按运输合同、运单等业务凭证的约定，将起运地、到达地、车种车号以及运输货物信息等内容填写在发票备注栏。
物流企业如未予备注相关信息，会导致受票方无法凭票抵扣进项税额。
5.虚开增值税专用发票
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：“任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。”
物流企业未提供服务而开具发票，或是开具与实际经营业务情况不符的发票，属于虚开发票的违法行为，情节严重的，还可能构成犯罪的，需依法追究刑事责任。
