根据《国家税务总局关于部分税务行政审批事项取消后有关管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第56号）中的规定，《出口退（免）税备案表》中的内容发生变更的，出口企业或其他单位须自变更之日起30日内，向主管税务机关提供相关资料，办理备案内容的变更。
因此，我们需要及时办理出口退（免）税备案变更，将新的海关代码在税务机关予以更新。
具体的操作根据使用系统不同分为以下两种情况：
一、离线版出口退税申报软件的操作流程（以生产企业为例）：
步骤1：点击“向导”-“备案申请向导”-“退（免）税备案数据采集”-“出口退（免）税备案变更申请表”，点击“增加”按钮，变更事项选择“海关企业代码”，变更后内容填写新的海关企业代码之后点击“保存”。
图一
这里要注意，原备案内容必须是有内容的，如果原备案内容为空，则需要先登录电子税务局，下载税务机关反馈信息，读入到离线版出口退税申报系统中，带出原备案内容后，才可以进行备案变更的操作。
图二
步骤2：点击“向导”-“备案申请向导”-“生成退（免）税备案申报”-“生成出口退（免）税备案申报数据”，选择“出口退（免）税备案变更申报”，点击“确定”，将生成的数据包，提交税务机关审核。
图三
步骤3：点击“向导”-“备案申请向导”-“打印退（免）税备案报表”-“出口退（免）税备案申报表”，选择“出口退（免)税备案变更申请表”，点击“确定”。
图四
情况2：使用电子税务局在线版申报系统，具体操作流程如下：
步骤1：登录电子税务局点击“我要办税”-“出口退税管理”-“出口退（免）税企业资格信息报告”-“出口退（免）税备案变更”-“在线申报”。
图五
图六
步骤2：点击“新建”按钮，将原海关企业代码删除输入变更后海关企业代码，点击“保存”；
图七
步骤3：点击“数据申报”-“生成申报数据”，勾选数据，点击“正式申报”，将数据提交给税务机关审核。
图八
步骤4：勾选数据点击“打印报表下载”，打印出纸质资料。
3、问：海关代码变更后，离线版申报系统中还是旧的代码，应如何处理？
答：企业海关代码变更后，离线版申报系统中还是旧的代码，这种情况下，我们可以直接在出口退税离线版申报系统中的“系统维护”-“系统配置”-“系统配置信息”里，进行修改。
图九
图十
若申报系统中有录入生成的当期申报数据，需先撤销生成的申报数据后，再将税务机关审核通过的备案变更反馈信息读入系统，更新企业信息即可。
