很多跨省异地施工企业依照规定都会去工程项目所在地预缴增值税，在预缴增值税的同时，可能还会缴纳其它不税费种，比如城建税、教育附加、地方教育费附加、个人所得税、印花税、企业所得税、工会经费等等，这些税费种基于实际情况不同以及各个地方管理规定不同而存在一定差异，如何优化处理更为有利呢？
异地施工企业要在工程项目所在地预缴增值税时，如果选择一般计税要在工程项目所在地按2%预缴，如果选择简易计税要在工程项目所在地按3%预缴，这是属于跨省异地建筑施工选择增值税不同计税方式之间的差异，如果属于与公司注册在同一个地域可能不需要预缴按正常申报即可，之后相应的预缴城建税、教育费附加、地方教育费附加，还有水利建设基金是根据各个地域不同缴纳的时候会有区别，一般根据收入的一定比例计算缴纳，金额比较少。还有其他如工会经费可能也会收一些。对于经济合同应缴纳印花税，象提供建筑服务、建筑安装等等，一般按合同金额的万分之三缴纳印花税。对于同时预缴企业所得税，则可在以后进行企业所得税申报时做抵减，即是说在外地工程项目预缴企业所得税，最后回公司注册地申报缴纳企业所得税时，对已预缴的部分可以从当期应缴金额里面进行抵减。这些税费种的申报缴纳各地规定上比较一致。
另外，对于个人所得税可能会比较特殊一点，如果在工程项目的所在地没有进行全员全额申报的话，当地税务机关会根据工程项目的一定比例来核定征收个人所得税，而根据工程项目的大小核定征收比例可能会有差别。如果将工程项目所在地的劳务人员在工程项目所在地进行了全员全额申报，即是说在工程项目所在地对劳务人员工资表里面的人员在工程项目所在地进行了个人所得税的扣缴申报，这种情况下一般不会再对施工单位个人所得税进行核定征收。当然企业预扣预缴个人所得税企业是不承担个人所得税的，也不会计入到主营业务的税金和附加而增加项目成本。
同时，个人所得税来核定征收，有的地方是按经营所得项目，不是以单位名义缴纳的，而是以个人名义缴纳，因为本来个人所得税就是由个人所承担，也有的地方是以单位名义核定缴纳的，事实上单位肯定不会承担个人所得税，还是由个人承担，所以施工单位预缴增值税的时候，同时核定征收缴纳的个人所得税正确的做法就是以个人名义经营所得来核定征收。
一般而言，从财税理论研究的角度上考虑问题可能会与很多地方实际执行的时候可能会存在一定偏差，这也是正常的，毕竟各个地方对于这些税费种预缴的实际管理规定上以及实际操作上肯定会存在一定差异，比如同样是在工程项目所在地预缴增值税，交了城建税，教育附加、地方教育附加、企业所得税、印花税等，但有些单位在项目所在地进行了全员全额申报，就不会再出现预缴个人所得税情况，有些地方不会发生洪涝灾害等自然灾害情况，可能规定上就没有水利建设基金要同时缴纳的情况。
综上，异地工程项目要在将来进行个人所得税申报的时候，一是能将工程项目所在地劳务人员在工程项目所在地进行全员全额申报的话，税务机关就不会再预缴增值税同时核定征收个人所得税，相对来讲起到一定税收节约的优化效果。二是如果在工程项目所在地在预缴税金的时候，税务机关要同时征收个人所得税，有些地方是以个人的名义来征收，有些地方是以企业的名义来征收，因为个人所得税本应由个人承担，按经营所得核定征收，所以正确的做法就是以个人的名义，以包工头的名义来开具完税凭证可能会更好一点，相当于认可了这个工程项目以个人包工头的名义来承担。
