拟上市企业上市申报文件涉及多项纳税资料，如税收优惠的证明文件、主要税种纳税情况的说明及注册会计师出具的审核意见、主管税收征管机构出具的最近三年及一期发行人纳税情况的证明等，上述纳税文件资料与财务报表中反映的应缴税费、政府补助、现金流量等多个项目相关，因而应当正确进行会计处理。除日常的税务核算外，需要关注下列事项处理是否恰当：
1、混合业务增值税、营业税的划分。对于工程总承包企业或具有工程承包性质的业务， 按照合同约定对工程项目的设计、采购、施工、运维等实行全过程或若干环节的承包，有时还将部分工程分包给具有相应资质的企业。在会计核算时，通常根据《企业会计准则第 15 号—建造合同》规定，将整个合同作为“一揽子”按照完工进度确认收入，但是在税务处理上，是否与会计确认同步，即全部作为提供劳务缴纳营业税，还是对于设备供货缴纳增值税， 设计和安装业务缴纳营业税？财政部、国家税务总局《关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16 号）第三款第十三条规定：“通信线路工程的输送管道工程所使用的电缆、光缆和构成管道工程主体的防腐管段、管件、清管器、收发球筒、机泵、加热炉、金属容器等物品均属于设备，其价值不包括在工程的计税营业额中。其他建筑安装工程的计税营业额也不应包括设备价值，具体设备名单可由省级地方税务机关根据各自实际情况列举。”依据上述文件，在按照完工百分比确认收入时可以分别缴纳增值税、营业税。
上述问题的难点，一是需要合理划分设备价值与设计安装收入，企业在签订合同时往往并不单独签订，认定较为困难；二是由于工期较长，有的工程项目长达数年，设备等货物在何种时点缴纳增值税，如果按照《企业会计准则第 14 号—收入确认》关于销售商品需要满足的五个条件，只有在工程全部竣工并通过业主验收后才能确认应缴增值税，这似乎并不合理，仍然按照收入确认进度计提应缴增值税；三是发票开具影响会计核算，有的业主要求企业开具增值税发票，有的要求开具普通发票。
此外，有的工程承包企业缴纳营业税，或者既缴纳营业税，又缴纳增值税时，取得的增值税进项税发票进行了抵扣，未按照规定转出或少转出计入营业成本，少缴税款，造成了偷逃税款的违反税法的行为。例如，某拟上市企业从事工程承包业务，缴纳营业税，但该企业采购的用于工程施工的设备等货物所取得的增值税进项税发票，均进行了抵扣（该企业还从事其他应纳增值税的产品销售），金额高达 1600 万元，存在严重的税务违规行为，同时虚增当期利润 1600 万元。
2011 年 11 月 16 日，财政部、国家税务总局下发了《关于印发〈营业税改征增值税试点方案〉的通知》（财税〔2011〕110 号）,从 2012 年 1 月 1 日起选择部分地区的交通运输业、部分现代服务业等生产性服务业开展营业税转征增值税的试点，条件成熟后择机推广， 直至取消营业税。因此，营业税制改革后，混合销售适用税种不易划分的问题将得到彻底解决。
