土地增值税是对有偿转让国有土地使用权及地上建筑物和其他附着物产权，取得增值收入的单位和个人征收的一种税。这里的单位主要是指房地产行业，卖房子对他们是主营业务，简单地说就是房地产行业在卖房子时土地使用权也随之转移了，并且土地比刚开始增值了不少，但单独抽出土地进行估价比较麻烦，因此把它放进了房子价格一起计算，同时进行各种成本和费用的扣除来算出要交的土地增值税，同时这个土地是国有土地，也就是这个地的来源是来自政府，并且缴纳了土地出让金。
财政部公布的数据显示，2021年全国税收收入172731亿元，土地增值税6896亿元，同比增长6.6%，土地增值税属于地方税种，占税收收入比例不高，但是对于房地产行业却属于一个大税种。
因为房地产项目开发转让周期较长，因此土地增值税往往采取项目地预缴的方式进行，在项目完成时再进行清算。也就是说当房地产公司收到预售房款的次月15日前要进行预缴税款的申报，预交土地增值税税款=（预收款-应预缴增值税税款）*预征率。同时土地增值税暂行条例实施细则规定除保障性住房外，东部地区预征率不得低于2%，中部和东北地区省份不得低于1.5%，西部地区不得低于1%。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。
如：某房地产开发企业开发a项目，2022年4月销售普通住宅预收房款1090万元，根据当地的规定，土地增值税预征率2%。则应预交的增值税税款=1090/(1+9%)*3%=30万元。土地增值税预征的计征依据=1090-30=1060万元。预交土地增值税税款=1060*2%=21.2万元。
同时政策规定房地产行业应当自达到以下清算条件起90日内，向房地产项目税务机关报送土地增值税纳税申报表，自行完成清算，结清应缴税款或向税务机关申请退税（注意清算要分项目分房屋类型）。(一)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；(二)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的；(三)整体转让未竣工决算房地产开发项目的；(四)直接转让土地使用权的；(五)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；(六)国务院确定的其他情形。
房地产公司应纳土地增值税计算
1. 确定收入总额（不含增值税收入，通常是全额开具商品房销售发票上的收入）
2. 扣除项目包括1.取得土地使用权支付的成本2.房地产开发成本3.房地产开发费用4.与房地产转让有关税金5房地产企业加计扣除（20%）
3. 计算增值额
4. 计算增值率=增值额/扣除项目金额
5. 按照增值率确定适用税率和速算扣除系数
建造普通标准住宅出售，其增值额未超过扣除项目之和20%的，免税
6. 计算应纳税额
应纳税额=增值额*适用税率-扣除项目金额*速算扣除系数
例子：假设上述a房地产开发企业2020年12月份开发的5栋住宅楼已全部竣工并验收，总建筑面积100000平方米，出售率达到90%，已实现不含增值税税收入总额为45000万元，预缴土地增值税800万元。开发相关支出为：支付地价款及各种费用7000万元;房地产开发成本12500万元;财务费用中的利息支出为3750万元(已正确按转让项目计算分摊并已提供金融机构证明)，转让环节缴纳的有关税费共计为2900万元;当地政府规定的其他房地产开发费用计算扣除比例为5%.收到主管税务机关的清算通知，要求在90日内完成清算，其在清算时应补缴土地增值税的计算方法如下：
(1)实际收入总额为45000万元。单位售价=45000÷(100000×90%)=0.5万元/平方米
(2)已预缴土地增值税为800万元。(3)取得土地使用权支付的地价及相关费用为7000万元。(4)房地产开发成本为12500万元。(5)房地产开发费用=3750+(7000+12500)×5%=4725万元。(6)允许扣除的税费为2900万元。(7)加计扣除额=(7000+12500)×20%=3900万元。
(8)允许扣除的项目金额合计=(7000+12500+4725+2900+3900)×90%=27922.50万元。
(9)增值额=45000-27922.50=17077.50万元。(10)增值率=17077.50÷27922.50×100%=61.16%.(10)清算应补交的土地增值税=17077.50×40%-27922.50×5%-800=4634.875万元。
